Serangan kaiju muncul dari area industri, membuat Kapten Gento dan Pasukan Khusus Reaksi Kaiju (SKaRD) berhadapan dalam pertempuran tanpa henti. Meskipun sudah berusaha keras, serangan dari para kaiju terus berlanjut. Kecurigaan tertuju pada Necromass Co., sebuah perusahaan kimia terkenal yang meneliti kaiju dan memiliki pabrik di area industri, SKaRD langsung menemui pimpinan perusahaan sekaligus ahli kimia terkenal, Dr. Mabuse.