Di Akademi Ninjutsu, Doi mengajar ninja muda yang dikenal sebagai "Nintama." Suatu hari, ia pergi berperang melawan ninja dari klan saingan, tetapi menghilang tanpa jejak. Para Nintama khawatir akan keselamatan Doi, terutama Sendaru, seorang yatim piatu perang yang tinggal bersamanya. Pada saat yang sama, Akademi menerima berita yang meresahkan bahwa saingan mereka di Kastil Dokutake mungkin sedang merencanakan sesuatu. Para ninja yang lebih tua menyusup ke kastil untuk menyelidiki, tetapi mereka dihentikan oleh Tenki, yang wajahnya identik dengan Doi.