Takumi dan putrinya, Hana, tinggal di Desa Mizubiki, dekat dengan Tokyo. Seperti generasi sebelum mereka, mereka menjalani kehidupan yang sederhana sesuai dengan siklus dan tatanan alam. Suatu hari, penduduk desa mengetahui adanya rencana untuk membangun tempat glamping di dekat rumah Takumi, menawarkan penduduk kota sebuah 'pelarian' yang nyaman ke alam. Ketika dua perwakilan perusahaan dari Tokyo tiba di desa untuk mengadakan pertemuan, jelas bahwa proyek tersebut akan berdampak negatif pada pasokan air setempat, menyebabkan keresahan.
Evil Does Not Exist adalah kisah mengenai relasi manusia dan lingkungan, yang terasa menenangkan sekaligus menghipnotis dalam balutan tempo lambatnya. Sebuah benturan antara modernisasi dengan alam, yang seperti telah judulnya sampaikan, mempertanyakan ada atau tidaknya eksistensi kejahatan