Sebuah pesan telah tiba dari Kid the Phantom Thief, bahwa dia akan mencuri pedang Jepang milik Keluarga Onoe yang kaya raya di Hakodate, Hokkaido. Conan dan Heiji Hattori, yang kebetulan berada di Hakodate, sedang menangani kasus untuk menangkap Kid. Koleksi Keluarga Onoe dikaitkan dengan Toshizo Hijikata, tokoh bersejarah yang tewas di Hakodate. Mengapa Kid, yang berspesialisasi dalam perhiasan, mengincar pedang Jepang? Secara kebetulan pengacara keluarga Onoe ditemukan terbunuh di kawasan gudang, rupanya dibantai dengan pedang Jepang. Tersangka adalah seorang investor/pedagang senjata yang konon mengincar harta terpendam keluarga Onoe. Kakek dari kepala keluarga Onoe sangat terlibat dengan industri militer selama masa perang, dan dikabarkan dia menyembunyikan beberapa senjata ampuh yang dapat “mengubah arah perang” di suatu tempat di Hakodate. Apakah Kid mengincar senjata itu? Sementara itu Heiji mencoba mencari sudut pandang yang sempurna untuk menyatakan cintanya kepada Kazuha… Di Utara di antara bunga sakura, perburuan harta karun yang mengasyikkan dimulai!