Following their explosive showdown, Godzilla and Kong must reunite against a colossal undiscovered threat hidden within our world, challenging their very existence – and our own.
Godzilla X Kong: The New Empire benar-benar memusatkan ceritanya di kedua raksasa tersebut dan peran manusia di film ini hanya sebagai karakter pembantu. Namun, itu bukan kekurangan tapi keunikan karena film ini cukup berhasil menceritakan konfik yang dialami Kong dan Godzilla yang bahkan tidak bisa berbicara hanya dengan ekspresi dan aksi mereka (ya walaupun dibantu dengan beberapa adegan yang melibatkan manusia).
Film ini berhasil membuat Kong dan Godzilla tampak seperti "dewa" alih-alih hanya tampak seperti "monster raksasa". Pertarungan antar kaijunya juga sangat epik, bukan hanya sekadar pertarungan raksasa yang memporak-porandakan sekitarnya.
Sayangnya dalam film ini ada beberapa adegan yang bisa lebih dieksplor sehingga bukan hanya menjadi adegan pendukung yang sekadar lewat, seperti adegan pertarungan Godzilla dan Tiamat dan adegan Kong mendapatkan gauntletnya.