Panji (Denny Sumargo) yang menjual jiwanya pada ilmu hitam demi membalaskan dendam kematian istrinya berniat untuk mengakhiri hidupnya, namun mendapatkan raganya kini terbelenggu ilmu hitam yang menguasai jiwanya. Setelah luntang lantung berkelana tanpa arah, Panji bertemu seorang pendekar tua yang meminta bantuannya untuk mengejar seorang bandit yang telah merebut pusaka sakti yang konon bisa menghapuskan kuasa ilmu hitam. Panji menerima tawaran yang menyeretnya ke perang panjang antara dua kerajaan serta menguak kenyataan masa lalunya yang kelam.
Film Panji Tengkorak memang masih punya beberapa kelemahan, tapi hal itu tidak menutup keinginan untuk mensupport film ini karena memang layak untuk diapresiasi dan berani memberikan tontonan yang berbeda di tengah industri perfilman Indonesia.